Самолет угнал Сейф Элдин Мустафа. Об этом человеке почти ничего не известно. Первоначально сообщалось, что самолет решил угнать Ибрагим Абдель Таваб Самаха, преподаватель университета Александрии — его бывшая жена якобы живет на Кипре. Впоследствии было установлено, что Самаха действительно летел из Александрии в Каир, но был обычным пассажиром, не совершавшим никаких противоправных действий. Власти Египта принесли ему официальные извинения. 

Захват самолета не считают терактом. В министерстве иностранных дел Египта отметили, что происшествие не связано с террористами — пассажир, по мнению египетских чиновников, захватил самолет по личным причинам. «Он не террорист, а идиот. Террористы безумны, но они не глупые. А этот парень глупый», — сказал The Guardian неназванный сотрудник министерства. Такой же версии придерживались власти Кипра. Все эти заявления были сделаны в то время, когда угонщиком самолета считался Ибрагим Самаха. Предположительно, у захватчика не было бомбы, однако спецслужбы Кипра вели операцию по освобождению самолета, считая угрозу взрыва реальной. 

Угонщик потребовал освобождения женщин из египетских тюрем.Сперва сообщалось, что у захватчика только одно требование — предоставить ему политическое убежище на Кипре. О новом требовании стало известно сразу после того, как египетские и кипрские власти уточнили имя захватчика. По одной из версий, Сейф Элдин Мустафа может быть связан с египетской оппозицией; официальных подтверждений этим сведениям нет.

Угонщик передал властям письмо. После приземления в аэропорту Ларнаки угонщик передал письмо на четырех страницах. Кому именно оно адресовано и что в нем говорится, неизвестно. СМИ предполагали, что письмо предназначено для местной жительницы: угонщик якобы пошел на преступление, чтобы увидеться с бывшей женой, живущей на Кипре. Эти данные пока не были ни подтверждены, ни опровергнуты. 

Все заложники отпущены на свободу, угонщик арестован. Вскоре после приземления на Кипре угонщик решил выпустить всех пассажиров-египтян. Спустя несколько часов вместе с угонщиком в самолете оставались пять членов экипажа и три пассажира. Один из них в итоге сбежал из самолета, спустившись из окна кабины пилотов, еще семеро вышли по трапу. При каких обстоятельствах это произошло, пока неясно. Известно, что среди летевших в Каир были несколько граждан США и Великобритании; первоначально захватчик не собирался их отпускать. Всего, по уточненным данным, на борту рейса в Каир находились 56 пассажиров, семь членов экипажа и один сотрудник службы безопасности.